Il nome di Macugnaga in Valle Anzasca si incontra già in un contratto di permuta del 22 giugno 999 tra l’arcivescovo Arnolfo di Milano e l’abate Lanfredo del monastero di Arona. Con questo contratto l’abate acquistò quattro alpi in Valle Anzasca, tra cui l’alpicella Macugnaga, che restò proprietà del monastero fin oltre la metà del XIII secolo. Nel 1218 l’abate Ariberto di Arona affittò l’alpe – sfruttato solo come pascolo estivo e non ancora coltivato intensivamente né abito – a Enrico di Stresa, per la durata di vent’anni e il pagamento di un canone esiguo. Sempre come alpe e a tenue canone, l’abate Corrado di Arona l’affittò nel 1256 a Guidotto Visconti, per cinque anni.
In quel tempo la Valsesia, insieme ad altri feudi, apparteneva ai diversi rami della famiglia dei conti di Biandrate. Il 12 maggio 1246, nel borgo di Varallo, il conte Gotofredo III di Biandrate e suo cugino Uberto IV fecero atto di divisione dei loro vassalli. Esiste ancora negli archivi di Sion un brano quasi inintelligibile di quel contratto. Un ramo della potente famiglia che nel 1168 era stata cacciata da Biandrate (tra Vercelli e Novara) e si era ritirata in Valsesia, aveva acquistato feudi in diverse valli alpine, tra cui le valli della Vispa e di Saas, che appartengono al Vallese.
Il conte Gotofredo III di Biandrate si era poi imparentato con i conti di Castello, feudatari della Valle Anzasca, così da estendere il suo dominio a entrambi i versanti delle Alpi. Con un atto del dicembre 1247, gli abitanti della Valle Anzasca avevano ipotecato la loro comune proprietà di terre al conte Uberto di Biandrate. Ma non potendo poi risarcire l’ipoteca, le terre passarono al conte Uberto, che pare le avesse cedute a Pietro di Castello, signore di Formazza. Quest’ultimo infatti, l’8 giugno 1250, cedette la signoria della valle a Gotofredo III, che aveva sposato Aldisia, figlia di Pietro di Castello. L’atto di donazione prevedeva la facoltà.
Davvero singolare, di trasferire genti della valle Anzasca come coloni nella valle di Saas e in quella della Visp. Il disegno do Gotofredo era quello di assoggettare ad un’unica signoria le testate delle valli del Monte Rosa. Fin dal 1249 egli risulta godere di diritti signorili nel visdominato di Sion. Tra il 1262 e il 1268 è investito dell’impiego feudale del maggiorascato (majorie) di Visp. Da quest’epoca datano le sue estese proprietà nella valle di Saas, che gli permisero di trarre di qui i coloni per popolare l’alta valle dell’Anza.
Per porre freno alle risse, allora frequenti fra gli abitanti del sud e del nord delle Alpi soprattutto a causa del possesso dei pascoli estivi, Gotofredo trasferì parte degli abitanti della valle Anzasca nella valle di Saas, e viceversa spinse coloni tedeschi della valle di Saas e di Visp a emigrare a sud delle Alpi, con l’intento di fondere in una le due razze, togliendo così di mezzo la causa delle loro dispute. Questa migrazione ebbe realmente luogo dopo la metà del XIII secolo. Il 16 giugno 1291, ad Almagell presso Saas, fu concluso un trattato fra i conti Jocelino e Zannino di Biandrate e gli uomini delle valli di Saas e di St. Niklaus nel Vallese, da una parte, e gli abitanti della valle Anzasca dall’altra, per porre fine ai continui scontri e alle ostilità fra le opposte valli.
La colonizzazione di Macugnaga è avvenuta probabilmente dopo il 1261, cioè dopo la scadenza quinquennale del contratto del 1256. Pare fuori di dubbio che i coloni siano giunti dalle valli vallesane a nord del Monte Rosa. L’Anza, all’inizio del suo corso attraverso il territorio di Macugnaga, viene infatti chiamata Visp dagli abitanti tedeschi del luogo nome chiaramente importato dalla valle originaria di Visp o da quella di Saas. Inoltre il gradino roccioso a valle di Macugnaga è detto Morghen o Mäerje, o anche Meigern e Zermeigern, che non è altro che il nome del casale più elevato della valle di Saas. Ancora oggidì in Macugnaga s’incontrano nomi di famiglia o di luoghi identici a quelli di St. Niklaus nel Vallese, come Lochmatter, Triftje ecc.